Die Herstellung des Vin Jaune unterscheidet sich grundlegend von der Herstellung anderer Weine.
Zunächst werden die Trauben eher spät im Jahr geerntet, frühestens Ende Oktober, manchmal aber auch erst im November.
Dies hat zur Folge, dass sich der entscheidende Zuckergehalt für die Vergärung im richtigen Rahmen bewegt. Es folgt eine gewöhnliche Mostvergärung.
Mindestens sechs Jahre und drei Monate dauert es anschließend, bis der Jungwein in gebrauchten Barriquefässern zu einem echten Vin Jaune heranreift. Die Reifezeit kann allerdings auch zehn Jahre oder mehr in Anspruch nehmen. Dies wird manchmal individuell gehandhabt.
Das Holz der Fässer lässt über feine Poren stets ein wenig Verdunstung zu. Dabei verliert der Weinkörper über ein Drittel seines Volumens.
Die Winzer in Château-Chalon sagen, dieser Anteil ginge an die Engel.
Bei gewöhnlichen Weinen füllen die Winzer stetig nach, damit der Wein nicht übermäßig an der Luft oxidiert und dadurch seine Qualität verliert, beziehungsweise zu Essig vergärt.
Beim Vin Jaune ist das Nachfüllen aber nicht nötig, ja sogar unerwünscht: Auf der Oberfläche der Flüssigkeit bildet sich selbstständig eine mehr oder weniger feste Schicht aus Hefen, die aus der Kelleratmosphäre und dem Fass stammen. Diese Hefeschicht schützt nicht nur vor übermäßiger, unerwünschter Oxidation, sondern führt den Wein auch an seinen einzigartigen Geschmack heran.
Nach Abschluss der Reifezeit folgt die Abfüllung.
Der Vin Jaune erhält nun seine charakteristische Flasche: markant, kompakt, leicht gedrungen und kurzhalsig. Die sogenannte Clavelin-Flasche ist typisch für die Region Château-Chalon.
Besonders auffällig ist die ungewöhnliche Füllmenge. Vin Jaune wird zu 620 ml pro Flasche vermarktet. Für gewöhnlich wird Wein in 750-Milliliter-Flaschen abgefüllt.
Diese merkwürdige Menge weist auf seinen ungewöhnlichen Reifeprozess hin. Durch die Verdunstung während der Reifezeit bleibt in den Fässern eine besonders aromatische Mischung zurück. Die Differenz der Clavelin-Flasche zu gewöhnlichen Weinflaschen unterstreicht diese Verdunstungsverhältnisse.
Allerdings kann es auch ein Hinweis darauf sein, dass Vin Jaune ursprünglich aus Spanien stammen könnte, vermutet zumindest der Winzer Stéphane Tissot aus Montagny-les-Arsures bei Arbois. Denn das 620-ml-Maß stellt auch eine alte spanische Norm dar.